重庆市综合交通运输研究所于2004年9月挂牌成立，是我公司人才资源和技术设备优势服务社会和行业发展的一个重要战略平台，率先在全国进行综合交通运输体系的研究。围绕“交通运输行业一机构四中心”（决策支持机构，战略研究中心、规划咨询中心、技术支持中心、统计信息中心）的职能定位，承担交通运输行业的综合交通发展战略与规划编制、交通运输经济与政策研究、行业动态分析以及交通项目可行性研究等任务。自成立以来，先后完成了《重庆构建长江上游地区综合交通枢纽战略研究》、《重庆市内河航运与多式物流结构调整战略》、《重庆市综合交通现状评估指标体系研究》、《重庆市综合交通中长期发展战略与政策研究》、《重庆一小时经济圈交通发展模式与管理体制研究》、《重庆市换乘枢纽布局规划与建设技术研究》、《重庆市CNG汽车区城性中心城市及区间运行试验与技术考核研究》、《公路交通执法文化研究》等200余项综合交通运输研究工作，为促进重庆市交通运输科学发展提供了重要支撑。